ググっても見つからなかったのでメモしておきます。
要はcheck_diskの-pを-rに変えればOK。
-pだとマウント解除されても空のディレクトリの空き容量をチェックしちゃうのでNG、
-rにするとState: UNKNOWNとなったので使えそう。

/etc/nagios/objects/commands.cfgに下記を追加

define command{
        command_name    check_nfs_disk
        command_line    $USER1$/check_disk -w $ARG1$ -c $ARG2$ -r $ARG3$
        }

/etc/nagios/objects/localhost.cfgに下記を追加

define service{
        use                             local-service         ; Name of service template to use
        host_name                       localhost
        service_description             Nfs hoge Partition
        check_command                   check_nfs_disk!5%!1%!/mnt/hoge
        }