MacにMySQLをインストール(mysql-5.5.17-osx10.6-x86_64.dmgを使用)して、いつものようにtestデータベースを消そうとしたら、表題のエラーが出ました。
メッセージにある通り、testディレクトリが消せないよと。
ディレクトリの中にあるファイル(.empty)が原因でした。

こいつを消してあげれば普通にDROP DATABASE出来ます。

$ sudo rm -f /usr/local/mysql/data/test/.empty

yumとかでは出来ないけど、dmgの場合、空のディレクトリが作れないって事なのかな?
圧縮ファイルに空ファイル入れたりする場合があるけど、それと同じ感じかな。

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